המשרד המרכזי של מרכז רבני אירופה נמצא בבריסל בסמוך למשרדי האיחוד האירופאי. לארגון יש גם משרד בירושלים. יו”ר ‘מרכז רבני אירופה’ הרב מנחם מרגולין ומנכ”ל המרכז הרב אריה גולדברג מקיימים מפגשים עם דיפלומטים ופוליטיקאים באירופה במטרה להבטיח את חופש הדת ביבשת ולקידום האינטרסים היהודיים בקרב מקבלי ההחלטות במדינות השונות.
כאשר עמדו על הפרק נושאים כמו החופש לעריכת ברית מילה, המשך האפשרות לשחיטה כשרה על פי היהדות או בטחון הקהילות היהודיות, נפגשו חברי נשיאות מרכז רבני אירופה, המונה רבנים ממדינות אירופה, עם מנהיגים מרכזיים באירופה, ובעקבות כך מנעו קבלת החלטות שהיו מקשות על קיום אורח חיים יהודי במדינות אירופה.