בנייתם ושיפוצם של מקוואות כשרות למהדרין בערים ובמקומות נידחים ברחבי יבשת אירופה הוא פרוייקט דגל ייחודי שלנו.
ב"מרכז רבני אירופה" קיים אגף מיוחד לנושא המקוואות, אשר מטרתו הינה לספק את כל הכלים הנצרכים לבניית מקווה כשר למהדרין: החל מייעוץ והדרכה צמודה במהלך תכנון ובניית המקווה, דרך פתרונן של בעיות הלכתיות וטכניות הצצות תוך כדי העבודה, וכלה בסיוע כספי בבנייה.
אגף המקוואות בראשותו של הגאון רבי ישראל יעקב ליכטנשטיין חבר נשיאות הארגון ובהנהלת סמנכ"ל הארגון הרב יוסף ביינהקר מקיימים מדי שנה ביקורים בקהילות השונות ברחבי אירופה על מנת להתרשם אישית ממצב המקוואות בכל אתר ואתר וכשיש צורך לתקן את הליקויים. במהלך הביקור נבדקת המקווה מהגג ועד ה'בור' בתוך המקווה כמו גם בורות ההשקה, הזריעה ומי הגשמים. בעקבות הביקורים מוגדרים הצרכים של כל קהילה באשר היא בתחום הטהרה ובמה ניתן לשפר בה את המצב.